青藏高原高山植物小垫柳基因组组装数据集(2019)

Genome Assembly of Alpine Species Salix Brachista on the Tibetan Plateau (2019)


本数据集来源于论文:Chen, J.*#, Huang, Y.*#, Brachi, B.*#, Yun, Q.*#, Zhang, W., Lu, W., Li, H., Li, W., Sun, X., Wang, G., He, J., Zhou, Z., Chen, K., Ji, Y., Shi, M., Sun, W., Yang, Y.*, Zhang, R.#, Abbott, R. J.*, & Sun, H.* (2019). Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Nature Communications, 10(1), 5230. doi:10.1038/s41467-019-13128-y.

本数据集包含青藏高原高山植物小垫柳Fasta格式的基因组组装文件,包括核苷酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、蛋白质编码序列(Protein)序列数据,以及gff格式的基因组组装注释文件。

组装等级:染色体级别

基因组覆盖程度:全基因组

参考基因组:是

组装方法:SMARTdenovo 1.0; CANU 1.3

测序方法及测序深度: PacBio, 125×; Illumina Hiseq X Ten, 43×; Oxford Nanopore Technologies, 74×

基因组组装统计:

基因组大小(bp):339,587,529

GC含量:34.15%

染色体数量:19

细胞器基因组数量:2

基因组组装序列数量:30

最大组装序列长度(bp):39,688,537

最小组装序列长度(bp):57,080

平均组装序列长度(bp):11,319,584

基因组组装序列N50(bp):17,922,059

基因组组装序列N90(bp):13,388,179

全基因组组装注释:

Protein:30,209

tRNA:784

rRNA:118

ncRNA:671

详细的注释信息请参见附件。

本数据集中也包含文章中Supplementary Information中的表格数据,数据列表参见附件。

基因组项目号为:GWHAAAA00000000(https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/663/show)。


数据使用方法

Supplementary Information中的表格数据以论文中的命名方式命名,可用Microsoft Office中的Excel软件进行查看和编辑;
基因组组装数据可用记事本打开查看。


本数据要求的引用方式
文章的引用

1. Chen, J., Huang, Y., Brachi, B., Yun, Q., Zhang, W., Lu, W., Li, H., Li, W., Sun, X., Wang, G., He, J., Zhou, Z., Chen, K., Ji, Y., Shi, M., Sun, W., Yang, Y., Zhang, R., Abbott, R. J., & Sun, H. (2019). Genome-wide analysis of Cushion willow provides insights into alpine plant divergence in a biodiversity hotspot. Nature Communications, 10(1), 5230. doi:10.1038/s41467-019-13128-y(查看)

数据的引用

陈家辉, 杨永平, Richard John Abbott, 孙航. (2020). 青藏高原高山植物小垫柳基因组组装数据集(2019). 国家青藏高原科学数据中心, 2020. doi: 10.11888/Ecolo.tpdc.270908.
[Chen, J., Yang, Y., Richard John Abbott., Sun, H. (2020). Genome Assembly of Alpine Species Salix Brachista on the Tibetan Plateau (2019). National Tibetan Plateau Data Center, 2020]

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License: This work is licensed under an Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)



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  • 数据时间范围:2019-01-16 至 2020-01-16
  • 共享方式: 开放获取
  • 元数据更新时间:2021-04-19
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联系信息

陈家辉、 杨永平、 Richard John Abbott、 孙航

分发方: 时空三极环境大数据平台

Email: poles@itpcas.ac.cn

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