蔓菁基因组Hi-C测序数据-时空三极环境大数据平台

2018年产生的蔓菁基因组序列，经过Hi-C测序后的生物信息学分析可以实现将初步组装的基因组草图中的大部分序列定位到染色体，并能够确定这些序列在染色体上的顺序和方向，为获得高质量的序列图谱奠定重要的基础。故课题组通过该技术把蔓菁基因组序列草图中的序列分别划分到同该物种染色体数目一致的群组（Group）中，并且确定每一群组中所有序列的顺序（Order）及方向（Orientation），之后可以结合参考蔓菁基因组、转录组组装序列（EST序列）、近缘物种及遗传图谱数据对划分群组的准确性及序列之间的顺序和方向进行评估。

数据使用方法

文件命名：测序数据以文本格式存储，文件的名称为“20181106Lachesis_assembly.fasta”，其中2018代表年，1106代表日期。数据读取方式：该数据可以直接用文本程序打开。（如：EditPlus）

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文章的引用

1. 段元文，杨云强.蔓菁基因组Hi-C测序数据(查看)

数据的引用

段元文. (2020). 蔓菁基因组Hi-C测序数据. 国家青藏高原科学数据中心, 2020. doi: 10.11888/Ecolo.tpdc.271069.
[Duan, Y. (2020). Hi-C sequencing data of cyanine genome. National Tibetan Plateau Data Center, 2020]

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资助项目

泛第三极环境变化与绿色丝绸之路建设专项

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关键词

学科：人地关系陆地表层
主题：生物资源
地点：青藏高原
时间： 2020

空间位置

East: 97.00	West: 95.00
South: 31.00	North: 32.00

数据细节

文件列表
/HIC 大小：59.4 GB

/HIC/Run995 大小：7.1 GB

/HIC/zhengshi 大小：52.3 GB

/HIC/Run995/Manjing_H700-H01_good_1.fq 大小：3.5 GB

/HIC/Run995/Manjing_H700-H01_good_2.fq 大小：3.5 GB

/HIC/zhengshi/Manjing_H700-H01_good_1.fq 大小：26.2 GB

/HIC/zhengshi/Manjing_H700-H01_good_2.fq 大小：26.2 GB
时间分辨率：Yearly
空间分辨率：-
大小：395.0 MB
浏览：218 次
下载量：0 次
数据时间范围：2018-06-01 至 2018-11-06
共享方式： 保护期内
元数据更新时间：2021-09-16
保护期已过了304.0%

联系信息

段元文

分发方：时空三极环境大数据平台

Email： poles@itpcas.ac.cn

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