青藏高原伴生植物基因组（2018年6月）-时空三极环境大数据平台

为了解析蔓菁如何、何时进入青藏高原，探讨蔓菁在青藏高原传播与驯化与早期人类活动的高原定居和古丝绸交流之间的关系，2018年6月，课题组利用三代基因组测序技术，对一个青藏高原的蔓菁自交F1代品种进行全基因组测序和De Novo组装，得到组装基因组大小为409.69 Mb，Contig N50为1.21 Mb。这一结果可为研究植物扩散与人类活动之间的关系提供遗传基础。高原各地的传统蔓菁品种是人类选择和基于区域气候环境自然选择的综合作用结果，因此这项研究有助于揭示人工驯化和人类选择对蔓菁的遗传分化的影响，以及蔓菁适应高原生态环境的适应性机制。

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青藏高原伴生植物基因组。测序数据可以用BWA等软件查看和分析。

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文章的引用

1. 杨云强, 孙旭东, 孔祥翔, 王春涛, 杨雅, 尹欣, 杨丹妮, 段元文, 杨永平. (2019). 蔓菁基因组对葡萄糖苷生物合成独立进化的启示. 自然通讯, V34(4), 848-854.(查看)

数据的引用

段元文. (2019). 青藏高原伴生植物基因组（2018年6月）. 国家青藏高原科学数据中心, 2019. doi: 10.11888/Ecolo.tpdc.270243.
[Duan, Y. (2019). The genome of associated plants in Tibet Plateau on Jun , 2018. National Tibetan Plateau Data Center, 2019]

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/青藏高原伴生植物基因组大小：395.7 MB

/青藏高原伴生植物基因组/蔓菁基因组.fastaq 大小：395.7 MB
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数据时间范围：2018-01-08 至 2019-01-07
共享方式： 开放获取
元数据更新时间：2021-04-18

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段元文

分发方：时空三极环境大数据平台

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